不同的文件系统在使用性能、存储效率和兼容性等方面各有优劣，特别是在FAT32和NTFS之间的选择，尤其受到用户关注。FAT32作为较早的文件系统，其简单性和广泛的兼容性使其在可移动设备和老旧系统中仍然有一定市场。相比之下，NTFS则提供了更强的功能，支持更大的文件和分区，并具有更好的安全性和稳定性。理解这两个文件系统的特点，能够帮助用户根据自身需要做出最佳选择，从而提高工作效率和数据安全性。
FAT32的最大单个文件大小限制为4GB，这在处理高清视频或大型文件时显得极其不便。FAT32的最大分区容量为2TB，这也限制了大容量存储设备的性能。而NTFS支持的单个文件最大可以达到16TB，且分区容量可达256TB，适合需要存储大量数据的用户。
NTFS的安全特性明显优于FAT32。NTFS支持文件和文件夹的权限设置，用户可以通过设置权限来控制谁可以访问特定文件。这在企业环境中尤为重要，因为它能够保护敏感数据。而FAT32缺乏这样的安全机制，所有用户对文件的访问权限相同，容易导致数据泄漏。
性能方面，NTFS在频繁读写和大文件操作时更具优势，能够减少文件碎片，保持较高的读写速度，尤其是在使用SSD驱动器时，这一点更加明显。在大多数现代操作系统中，NTFS被认为是默认文件系统，更能充分发挥硬盘性能。
连接性方面，FAT32在各种操作系统中都具有极好的兼容性，包括Windows、macOS和Linux等，这使得它成为可移动存储设备的常见选择。而NTFS在某些系统上可能需要额外的插件或驱动程序，才能进行完全兼容。在选择文件系统时，用户应该根据自身需求，综合考虑性能、安全性与兼容性，以便做出最优决策。