当今的计算机操作系统中，文件系统是一个至关重要的组成部分。在选择操作系统时，Windows与Linux的文件系统各自展现出不同的特性和优势，这使得许多用户在使用时会感到困惑。Windows系统主要使用NTFS（新技术文件系统），而Linux则拥有多种文件系统可供选择，如EXT4、XFS和Btrfs等。这两者的设计理念、性能和安全性各不相同，使得用户需要深刻了解它们的本质区别，以便选择最适合自己的系统和文件管理方式。
Windows的NTFS文件系统以稳定性和用户友好著称。它支持大文件和高容量分区，并且具备良好的权限管理与加密功能。相较之下，Linux的EXT4文件系统则在性能和灵活性上表现突出，尤其是在处理大量小文件时，其效率明显高于NTFS。Linux对硬件资源的利用率更高，使得在低配置环境中的运行更加流畅。根据具体的使用需求，用户可以选择最符合其要求的文件系统。
Windows与Linux在文件系统的结构上也有显著差异。NTFS采用了基于表格的存储结构，允许数据的快速检索和删除，改善了文件系统的整体性能。相比之下，Linux的EXT4文件系统则采用了日志技术，这种机制可以防止数据丢失并提高系统稳定性，特别是在意外关机或系统崩溃的情况下。
安全性方面，Linux的文件系统提供了更为细致的权限控制，不同用户的访问权限可以被细分，确保数据的安全性。而Windows虽然也支持权限管理，但有时由于设计上的限制，可能无法做到完全的用户隔离。
考虑到兼容性的问题，Windows的NTFS文件系统在与其他操作系统的交互上可能遇到障碍，尤其是在Linux环境中虽然有相应的驱动程序，但并不总是能够完美支持。反之，Linux的文件系统具有良好的开放性和灵活性，可以更容易地与各种其他操作系统进行协作。
Windows和Linux在文件系统上提供了不同的选择，其本质上的区别涉及到性能、安全性、结构和兼容性等多方面。用户在选择时，需根据自身对文件管理、数据安全和操作效率的需求，做出最合适的决定。